Події гри тривають відразу ж після подій Killzone 2, де ми дізнаємося, що імператор Вісарі, лідер Хелгастов, помирає біля ніг «Сева» і Ріко. Але це не означає, що війна вже виграна. Після смерті Вісарі, на планеті Хелган розвиваються політичні інтриги, міжусобиці і вбивства. Тепер два найвпливовіших людини на планеті борються за повне і абсолютне панування. З невеликою кількістю запасів і без підкріплення, організація ISA повинна боротися не за перемогу у війні, а хоча б за виживання. У Killzone 3 ви знову зустрінетесь з ворожою армією Хелгастов і з величезними труднощами в боротьбі за виживання людства. Поряд з однокористувальницької кампанією, в грі буде повнофункціональний багатокористувацький режим.